بیشتر موارد آنفولانزای انسانی به صورت بالینی تشخیص داده می‌شوند. با این حال، در دوره‌هایی که فعالیت ویروس آنفولانزا کم است یا در خارج از وضعیت اپیدمی، عفونت‌های سایر ویروس های تنفسی (مانند SARS-CoV-2، رینوویروس، ویروس سنکیتیال تنفسی، پاراآنفولانزا و آدنویروس) ممکن است شبیه به ویروس آنفولانزا ظاهر شوند، که تشخیص بالینی ویروس آنفولانزا از سایر پاتوژن‌ها را دشوار می‌کند.

جمع‌آوری نمونه‌های مناسب تنفسی و انجام آزمایش تشخیصی آزمایشگاهی برای تأسیس تشخیص قطعی ضروری است. جمع‌آوری، ذخیره و حمل صحیح نمونه‌های تنفسی، اولین گام ضروری برای تشخیص آزمایشگاهی عفونت‌های ویروس آنفولانزا است. تأیید آزمایشگاهی معمولاً با استفاده از تشخیص آنتی‌ژن مستقیم، ایزوله کردن ویروس یا تشخیص RNA خاص ویروس آنفولانزا از طریق واکنش زنجیره‌ای پلیمراز معکوس (RT-PCR) انجام می‌شود.

 راهنمایی‌های مختلف در مورد تکنیک‌های آزمایشگاهی توسط سازمان جهانی بهداشت (WHO) منتشر و به‌روزرسانی می‌شود. آزمایش‌های تشخیصی سریع در محیط‌های بالینی استفاده می‌شوند، اما حساسیت کمتری نسبت به روش‌های RT-PCR دارند و اعتبار آن‌ها عمدتاً به شرایط استفاده از آن‌ها بستگی دارد.