علت سقط مکرر در بعضی از کیس ها متفاوت می باشد:

۱ مشکلات کروموزومی در جنین_

به نوزادی که در رحم مادر در حال رشد کردن است جنین می‌گویند . کروموزوم‌ها در سلول قرار دارند و هزاران ژن را در بر میگیرند. مشکلات کروموزومی معمولاً به طور اتفاقی به وجود می‌آیند اما در بعضی از مواقع به علت مشکلات کروموزومی والدین به وجود می‌آیند. ریسک مشکلات کروموزومی با افزایش سن افزایش می‌یابد.

• جابه‌جایی‌های کروموزومی: گاهی یکی از والدین دارای تغییر جزئی در ساختار کروموزوم‌هاست که روی سلامت خود فرد تأثیر نمی‌گذارد، اما می‌تواند منجر به تولید جنین‌هایی با ترکیب کروموزومی ناقص و سقط شود.
• ناهنجاری‌های کروموزومی جنین: شایع‌ترین علت تک‌سقط‌ها، خطاهای تصادفی در تقسیم سلولی جنین است که با افزایش سن مادر (به‌ویژه بالای ۳۵ سال) احتمال آن بیشتر می‌شود.

2.اختلالات آناتومیک (ساختاری) رحم

ناهنجاری در شکل یا ساختار رحم می‌تواند مانع لانه‌گزینی درست یا رشد جنین شود:

• رحم دوشاخ یا سپتوم‌دار: وجود دیواره اضافی در رحم.
• فیبروم‌های رحمی: به خصوص اگر فیبروم داخل حفره رحم باشد.
• پولیپ‌های رحمی: که می‌توانند محل لانه‌گزینی جنین را اشغال کنند.
• نارسایی دهانه رحم (سرویکس): که دهانه رحم قبل از موعد باز شده و باعث سقط می‌شود.

۳. موارد اتوایمیون؛ زمانی که شما مشکلات اتو ایمیون دارید سیستم دفاعی شما به جای مقابله با عفونت‌ها به بافت های سلولی سالم  حمله می‌کند.

۴. بیماری‌های زمینه‌ای :زمانی که شما چندین مشکل زمینه‌ای شامل دیابت، تیروئید،  بیماری لخته یا بیماری های هورمونی دارید.

البته در بسیاری از موارد سقط‌های مجدد بی‌دلیل اتفاق می‌افتند.